2006年秋季，教育部对内蒙古自治区农村牧区“两基”达标的最后8个旗县进行验收，这标志着内蒙古自治区农村牧区的教育体制改革取得了阶段性成果。

　　内蒙古自治区是一个地域辽阔的边疆少数民族地区，过去经济基础薄弱，教育发展落后。2003年全国农村教育工作会议之后，自治区利用国家对西部地区政策倾斜的有利条件，把推进农村牧区教育体制改革作为自治区经济社会改革的重要支撑点提到议事日程，并且层层落到实处。

　　从2004年开始到2007年，自治区政府每年都要安排专项资金1亿元，加上盟市、旗县政府的配套资金，明年前将解决多年累计欠发中小学教职工的7.24亿元工资。在此期间，自治区本级财政围绕“两基”共安排专项资金13.44亿元，保证农村牧区义务教育的良性发展。随着撤乡并镇、围封转移、生态移民的推进，自治区农村牧区人口急剧向城镇集中，全区城镇总人口由上世纪末的800多万增加到现今的1000多万。由此，加大农村牧区中小学布局结构调整的力度，集中优势教育资源，成为自治区教育体制改革的另一项重要内容。在布局调整过程中，梯次利用和整合教育资源是工作的要点，中小学教学点和学校数量在调整中分别减少了三成多和六成。有些居住分散的牧区，比如阿拉善盟、巴彦淖尔市边境牧区、锡林郭勒盟一些牧区，也基本实现了中小学向旗县所在地集中。