额尔敦出生在通辽市库伦旗一个牧民家庭。1993年7月毕业于内蒙古大学生物系并被特招入伍，硕士研究生学历。入伍后，历任技师、主管技师、副主任技师，免役室副主任、主任、检验病理科主任、副院长等职。

　　1997年，他的研究课题“γ-干扰素免疫PCR检测方法的建立”终于有了预期的结果，并受到全军的关注，经过权威专家的鉴定，在国内外有四项创新，具有很强的实用价值。2000年9月，该课题获得自治区科技进步一等奖，这是253医院首次获此殊荣。2001年8月，额尔敦被公派去加拿大哥伦比亚大学医学院生物化学与分子生物学系哥兰特·默克尔教授实验室，负责进行“构建破伤风C片段基因卡介苗”的合作研究。

　　2003年，国内爆发了大规模非典疫情。当时，额尔敦被公派到加拿大研修学习已经一年多了，他的导师是国际知名专家，研究的项目也是世界专业领域的前沿课题，这样的学习深造机会对每一名科研人员来说是非常难得的。但是当他得知国内非典疫情严重的消息后，毅然决定放弃正在进行的研究，立即回国。同事们都觉得他放弃这么好的深造机会，非常可惜。他的导师为他办理了延期签证，还提出了许多优厚条件来挽留他，甚至额尔敦的妻子和孩子也都希望他能完成研究。但所有这一切，都没有动摇额尔敦回国的决心。他义无反顾地回到253医院，投入到抗击非典的战斗中。

　　当记者问到额尔敦院长：“放弃了那么优越的条件、优厚的待遇，特别是那么好的研究环境，您后悔吗？”额院长笑呵呵的说：“作为一个搞科学研究的人，的确觉得可惜。但我是一名军人，党和国家培养我、部队培养我，不能只想着个人利益，国家有难、匹夫有责，我只有回到祖国，回到生我养我的草原上，我的生命价值才能得到最大的体现。”