内蒙古自治区地表水有黄河、西辽河、嫩江、额尔古纳河4个外流水系,流域面积为52.2万平方公里,年径流量673亿立方米。内流水系有乌拉盖河、塔布河2个水系,流域面积22万平方公里,年径流量9.6亿立方米。全区地下水分布比较广泛,主要类型有上层滞水、潜水和承压水。据内蒙古自治区水利勘测设计院估算,自治区草原地下水补给量为97.6亿立方米,可开采量为27.5亿立方米,东部多于西部,山地丘陵多于高原。自治区的天然降水量在100~450毫米之间,由东向西递减,其中额济纳旗年降水量不足50毫米。降雨量多集中在7~9月份,占全年降水总量的60~70%。