朱德虽然担任了中国工农红军总司令和中央革命军事委员会主席，但长征前夕的实际军事指挥权却掌握在博古、李德等人手中。准备突围西进的决定，直至需要用总司令名义下达命令时才告诉他。朱德事后感叹，这“使我伤心”。

　　不过朱德还是以大局为重，尽全力做好自己能做的工作。1935年9月，当中央苏区在敌军围攻下情况危急时，朱德同周恩来等人一起筹划对粤军开展统战工作，并以红军总司令的名义致信广东军阀陈济棠，以抗日和反蒋的大义劝说，使其同意在赣粤边界放开一个缺口，中央红军得以由此突围西进，开始了长征。

　　中央红军出发后，朱德虽无实际指挥权，却经常到部队中做鼓动工作。在很少召开的军事会议上，他也根据实际提出自己的意见。红军渡湘江时，遭到国民党中央军和湘桂军夹击，朱德对于李德在军事上的错误情况提出不同的意见，可这个德国人不但不接受，还大发雷霆。朱德对那些照搬苏联教条的领导人极为不满，赞成更换领导。

　　1935年，中共中央在遵义召开政治局扩大会议，朱德参加了会议，并以尖锐语气批评了“左”的错误，他说：“这样的错误如果继续下去，红军就不能再跟着临时中央走了。”他还表示完全支持毛泽东的主张，支持这位井冈山的老战友指挥红军。红军总司令的这种态度，对遵义会议取得成功起到了重要作用。

　　在遵义会议上，中共中央决定今后的军事指挥仍由军委主要负责人朱德、周恩来负责。当时毛泽东、周恩来、王稼祥差不多都是在到达宿营地后彻夜工作，白天行军经常要躺在担架上睡觉。朱德便在日间行军中处理各种事务，晚间睡觉，形成了时间上的分工。在行军中，朱德也很少骑马，总是同指战员一同步行，边走边谈，自己的那匹马则用来驮运伤病员。

　　遵义会议后，中央红军向北进军，一渡赤水时在土城遇到川军拦截，敌军进行反扑还威胁到中央机关。形势紧急，朱德向其他负责人提出要亲自到火线上指挥，毛泽东马上组织身边的同志开了一个“欢送总司令上火线”的临时欢送会。当有人叮嘱他保重安全时，朱德豪迈地回答说：“能打中朱德的子弹现在还没有造出来呢！”朱德在枪林弹雨中闯了数十年，竟然一直没有中弹负过伤。

　　朱德亲自赶到红一军团前沿阵地，川军已占了有利地形居高临下进行射击，他身边弹雨纷飞。当时又遇下雨，朱德衣裳湿透，仍挥动驳壳枪指挥部队。总司令极大地鼓舞了一线指战员，终于将敌人打退并夺回制高点。激战到黄昏，部队撤出战斗向西转移，其他人劝总司令先走，朱德却一直等到后卫团到达才通过浮桥。当时敌军的一颗炮弹正好落在他的身旁，幸而没有爆炸。(文图据《文史参考》、《党史博览》、《文史天地》)